从事森林病原物群体分化及其与害虫的复合危害机理及控制技术研究。主要针对本土和外来入侵重大森林病虫害，开展病原物的系统发育生物学和分子生态病理学研究，以及病害的检测、预警和防治研究工作。形成了重大森林病原系统发育生物学的研究体系和方法，建立了以长喙壳真菌为主的枝干溃疡类病原菌资源保藏平台，揭示了溃疡类病害病理学过程中不断发生的病原分化现象，发现并报道多个树木新病害及新病原物；建立了森林病原真菌与害虫共生关系的模式研究平台，明确了我国小蠹虫-长喙壳类真菌共生体区系及空间分布格局，揭示了小蠹虫共生长喙壳真菌的系统演化与生态适应性，利用基因组学、转录组学、代谢组学和宏基因组学等方法揭示了小蠹虫与长喙壳类真菌的共生机制，创新性提出针叶树寄主与长喙壳真菌区系内不同功能性种类的互作关系及其对寄主抗性的调控机制，利用长喙壳真菌介导的融合dsRNA作用于小蠹虫、病原菌的防控技术。